Dividido em diversos conveses — inferior, principal, superior, sun deck e um deck de observação (tijupá) —, o Rainha Fabiola apresenta um layout funcional e elegante. No convés inferior estão as áreas privativas dos hóspedes, com cabines distribuídas entre a proa e o centro do casco. Há duas cabines VIP com banheiros privativos, duas cabines de hóspedes laterais e uma cabine reversível na proa, além de banheiros bem dimensionados e rouparia integrada. A popa é reservada à tripulação, com cabines equipadas, lavanderia com máquinas de lavar e secar, banheiro de tripulação e acesso direto à praça de máquinas. No convés principal, destaca-se a ampla suíte master posicionada à meia-nau, com armários, banheiro completo, frigobar, adega e uma área de escritório. Mais à popa, encontram-se o salão social, com sofás e TV, e a cozinha equipada, acompanhada por aparador e espaço de jantar. A popa conta ainda com uma plataforma do tipo "transformer", que facilita o acesso ao mar e a movimentação de jet skis ou botes de apoio. O convés superior concentra o sky lounge, espaços de convivência com sofás, TV, bar com churrasqueira e acesso ao convés de observação. Este, por sua vez, é coroado por uma jacuzzi com solário ao redor, ideal para banhos de sol e relaxamento, além de oferecer uma das melhores vistas panorâmicas da embarcação. O projeto ainda prevê sauna, lavabos, espaços técnicos e armazenamento com acesso facilitado, bem como áreas destinadas à ventilação e segurança, como portas estanques e escotilhas (gaiutas). A ponte de comando está localizada no convés superior e conta com uma cabine privativa para o capitão, com banheiro próprio. Toda a estrutura é conectada por escadas internas e externas, portas corrediças e soluções integradas para circulação fluida e conforto durante a navegação.